Trabzon İl Müzeler Müdürlüğü görevini yürütürken 2009′da Sümela Manastırı’nda izinsiz ayin yapmak isteyen ve aralarında Rus milletvekili ile Yunan valisinin bulunduğu gruba müdahale edip ayin için yakılan mumlarını söndüren, bu olayın ardından Erzincan Müze Müdürlüğü‘nde görevlendirilen ardından tekrar Trabzon’daki görevine dönen, bir süre Trabzon’da görev yaptıktan sonra Gümüşhane’ye atanan Nilgün Yılmazer açtığı davayı kazanıp Trabzon’daki eski görevine döndü.

 

Trabzon’daki Sümela Manastırı’nda 15 Ağustos 2009 günü Kültür ve Turizm Bakanlığı’ndan izin almadıkları halde mum yakıp ayin yapmak isteyen gruba müdahale eden dönemin müze müdürü Nilğün Yılmazer, ”Türkiye Cumhuriyeti yasalarına göre burada ayin yapamazsınız” diyerek tepki göstermiş, grubun ayin için yaktığı mumları söndürmüştü.

 

Bunun üzerine grupta bulunan Yunanistan’ın Selanik Valisi Panayotis Psomyadis ve Rus Milletvekili İvan Savidis duruma tepki göstermiş ve Yılmazer’in üzerine yürümüştü.

 

Yaşanan kısa süreli arbedenin ardından olay araya girenler tarafından yatıştırılmıştı.

 

Olayın ardından Nilgün Yılmazer, Kültür ve Turizm Bakanlığı tarafından Erzincan’a müze müdürü olarak atandı.

 

Bunun üzerine, uzun yıllar Trabzon’da müze müdürlüğü görevini sürdüren Yılmazer, haksızlığa uğradığı gerekçesiyle, Trabzon Bölge İdare Mahkemesi’ne başvurup Trabzon’daki görevine iade edilmişti. Trabzon’da bir süre görev yapan Yılmazer, ardından yine bir kararla Gümüşhane’ye müze müdürü olarak atandı.

 

Gümüşhane’de bir yıla yakın çalışan Yılmazer, haksızlığa uğradığı gerekçesiyle yine mahkemeye başvurarak Trabzon’daki görevine iadesini istedi.

 

Mahkemedeki davayı kazanan Yılmazer, yeniden Trabzon Müzeler Müdürü olarak atanarak görevine başladı.