Spor Toto 3. Lig'de 2011-2012 sezonunda gruplarını şampiyon olarak tamamlayan İnegölspor, Nazilli Belediyespor ve Hatayspor, Spor Toto 2. Lig'e yükseldi.1. Grup'ta Bayrampaşa, Diyarbakır Büyükşehir Belediyespor, Hacettepe ve Gümüşhanespor, 2. Grup'ta Keçiörengücü, Belediye Bingölspor, Yalıspor ve Kahramanmaraşspor, 3. Grup'ta ise Tarsus İdman Yurdu, Sancaktepe Belediye Spor, Siirtspor ve Bursa Nilüferspor play-off maçları oynamaya hak kazandı.

Play-off maçları tek maç eleme usulüne göre oynanacak. Bu müsabakalarda kazanan 6 takım final oynayacak ve finalde kazanan 3 takım ise Spor Toto 2. Ligi'ne yükselecek. Böylece toplam 6 takım Spor Toto 2. Lig'e yükselmiş olacak.

Spor Toto 3. Lig'de 1. Grup'ta Kırıkkalespor, Lüleburgazspor, Keçiören Sportif ve Akçaabat Sebatspor, 2. Grup'ta Karsspor, Küçükçekmecespor, Kepez Belediyespor ve Erganispor, 3. Grup'ta ise Diyarbakır Kayapınarspor, Afyonkarahisarspor, Araklıspor ve Çarşambaspor Bölgesel Amatör Lig'e düşen takımlar oldu.

Ligde normal sezon 1. Grup'ta Keçiören Sportif-Bayrampaşa, 2. Grup'ta Sivas Dört Eylül Belediyespor-Gölcükspor ve 3. Grup'ta Hatayspor-Tarsus İdman Yurdu karşılaşmalarıyla tamamlanacak.