Süper Lig'i geçtiğimiz sezon 4. bitiren Medipol Başakşehir, transfere erken başladı. Başakşehir, Akhisarspor ile sözleşmesi sona eren Soner Aydoğdu ile 3 yıllık anlaşmaya vardı.

Gençlerbirliği altyapısından yetişen Soner Aydoğdu, gösterdiği performansın ardından Trabzonspor'a imza atmıştı. Trabzonspor'da beklentilerin altında kalan ve Akhisarspor'a transfer olan ve başarılı bir grafik çizerek Milli Takıma kadar yükselen Soner, Ege ekibinde 85 maça çıktı ve 11 gol kaydetti.

Soner Aydoğdu'nun adı bir dönem Galatasaray ile de anıldı.