Toplam 54 takımın 3 farklı 18'erli grupta mücadele edeceği 3. Lig'de ilk yarı 15 Aralık'ta yapılacak karşılaşmalarla sona erecek. İkinci yarı 19 Ocak 2014'te oynanacak 18. hafta müsabakaları ile başlayacak ve normal sezon 4 Mayıs 2014'te yapılacak maçlarla tamamlanacak.

Spor Toto 3. Lig'de çift devreli lig müsabakaları sonunda gruplarında ilk sırayı alan takımlar doğrudan Spor Toto 2. Lig'e yükselecek. Normal sezon sonunda gruplarında 16, 17 ve 18. sıraları alan 3 takım olmak üzere toplam 9 takım Bölgesel Amatör Lig'e düşecek.

Gruplarda 2, 3, 4 ve 5. sırayı alan takımlar ise 2. Lig'e yükselecek son 3 takımın belirleneceği play-off müsabakalarına katılacak. Play-off müsabakaları Türkiye Futbol Federasyonu (TFF)  tarafından belirlenecek tarafsız saha veya sahalarda, tek maç eleme usulü ile oynanacak. Her grupta takımlar kura ile birbirleriyle eşleşecek ve maçlarını kazanan takımlar finale yükselecek. Her grupta finalde kazanan 3 takım daha 2. Lig'e yükselecek.

İlk haftanın maç programı

Spor Toto 3. Lig'de 1 Eylül Pazar günü yapılacak ilk hafta maçlarının programı şöyle:

1. Grup

16.00 Bergama Belediyespor-Trabzon Akçaabat Futbol Kulübü
16.00 Siirtspor-Localtime Fatih Karagümrük
16.00 Sivas Dört Eylül Belediyespor-Derince Belediyespor
16.00 Payas Belediyespor 1975-Tekirova Belediyespor
16.00 Adliyespor-Silivrispor
16.00 Kahramanmaraş BŞB-Yeşil Bursa

16.00 Kızılcabölükspor-Ümraniyespor
16.00 Beylerbeyi-Belediye Bingölspor
16.00 Adıyamanspor-Ankara Demirspor

2. Grup

16.00 Hacettepe-Balçova Belediyespor
16.00 Orhangazispor-Çorum Belediyespor
16.00 Erzurum Büyükşehir Belediyespor-Elibol Sandıklı
16.00 Sancaktepe Belediyespor-Batman Petrolspor
16.00 Darıca Gençlerbirliği-Ünyespor
16.00 Çıksalınspor-Bursa Nilüfer
16.00 Manavgat Evrensekispor-Maltepespor
16.00 Düzyurtspor-68 Yeni Aksarayspor
16.00 Sakaryaspor-Elazığ Belediyespor

3. Grup

16.00 Kayseri Şekerspor-Anadolu Üsküdar 1908 Spor
16.00 Arsinspor-Kocaelispor
16.00 Şekerspor-Belediye Vanspor
16.00 Ayvalıkgücü Belediyespor-Denizli Büyükşehir Belediyespor
16.00 Yimpaş Yozgatspor -Keçiörengücü     
16.00 Gölcükspor-Yeni Diyarbakırspor              
16.00 Erzincan Refahiyespor-Kırıkhanspor     
16.00 İstanbulspor-Tuzlaspor  
16.00 1930 Bafraspor-Menemen Belediyespor